Início do futebol em Juazeiro do Norte
O primeiro time de futebol na cidade foi o Joaseiro Futebol Clube, criado no dia 15 de janeiro de 1927. Posteriormente surgiram o Palestra em 1934, Treze e America por volta de 1937.
Desses times, o Treze era o papão de títulos juazeirenses, que tinha como principal rival o America.
O guarani foi fundado em 10 de abril de 1941, por comerciantes do mercado central.
Em 1958, o America encerrou suas atividades, tornando-se o Guarani, o novo rival do Treze.
Posteriormente o Treze encerrou suas atividades.
Década de 1970 - As primeiras participações no Campeonato Cearense
Em 1973 disputa o primeiro Campeonato Cearense de sua história ficando em sexto lugar no total de 11 equipes. No ano seguinte conquista o Torneio Santos Dumont, torneio promovido pela FCF.
Em 1979 fica em quarto lugar no estadual, ficando atrás só dos grandes da Capital, Ferroviário, Fortaleza e Ceará.
Campeão do Torneio Santos Dumont (Torneio promovido pela FCF) : 1974
Vice-Campeonato Estadual em 2011
O Leão do Mercado, no ano de 2011, realizou a melhor campanha do clube em todos os tempos no estadual, conseguindo o vice-campeonato. Chegou a semifinal do primeiro turno, onde foi eliminado pelo Fortaleza.
No segundo turno, a equipe chega a final, enfrentando o Ceará perdendo a final do returno. E como o Ceará havia ganhado o 1º turno, o estadual de 2011 terminou nesse dia, e já que o Guarani de Juazeiro possuía a segunda melhor pontuação, se consagrou vice-campeão cearense, pela primeira vez na história.
Primeira competição nacional
O Guarani teve a melhor colocação, fora dos clubes que já estão em competições nacionais, no Campeonato Cearense de 2011, portanto jogou a Série D em 2011. Participando posteriormente de 2015 a 2018.
Copa Fares Lopes 2012
Em 2012, foi campeão pela primeira vez da taça Fares Lopes, empatando com o Horizonte fora de casa e levando o 2º jogo da final para o estádio Mauro Sampaio (Romeirão), onde goleou a equipe do Horizonte por 4x0. Sagrou-se campeão também em 2016.
Campeonato Cearense - 2ª Divisão
Campeão em 2004 e 2006.
Copa Integração
Campeão da Copa Integração em 2006
Taça Padre Cicero
Campeão da Taça Padre Cícero em 2011, 2016 e 2017
Campeonato Municipal
Campeão em 1941, 1942, 1943, 1960, 1961, 1962, 1964 e 1980
